Resultados del primer bimestre de trabajo de la unidad de diagnóstico COVID-19 de la Facultad de Ciencias Veterinarias-UNLP
Diagnóstico COVID-19 en la FCV-UNLP
DOI :
https://doi.org/10.24215/15142590e050Mots-clés :
SARS-CoV-2, GeneFinder™, gen N, ArgentinaRésumé
La pandemia de la COVID-19 planteó el rápido diseño y aprobación excepcional de diversos métodos de diagnóstico. En la unidad de diagnóstico COVID- 19 de la FCV-UNLP, se realizó el diagnóstico molecular de la presencia de SARS-CoV-2 en 1114 hisopados de pacientes derivados por el Ministerio de Salud de la Provincia de Buenos Aires. Las muestras de ARN fueron purificadas en cabina de seguridad y se analizaron mediante real time RT-PCR con el kit GeneFinder™ para tres targets virales (N, E y RdRp). De 1110 muestras con reacción al control interno, 458 (41,2%) fueron reactivas, 26,9% a tres targets virales, 4,2% a dos y cerca del 10% a uno (principalmente N). El porcentaje de positividad fue similar en el tiempo, aunque la cantidad fue mayor en julio (781 muestras; 315 reactivas) respecto a junio (333 muestras; 143 reactivas). Las muestras de Berisso, Ensenada y La Plata presentaron un porcentaje de positividad significativamente menor al de los demás municipios (27,6% vs. 60,7%). Las muestras de pacientes con tres o más signos relevantes presentaron una mayor positividad (55,6%) y menor reactividad a un único target. Es necesaria la validación interlaboratorios y la estandarización de los métodos para brindar resultados confiables y reproducibles.
Téléchargements
Statistiques
Références
Arevalo-Rodriguez I, Buitrago-Garcia D, Simancas-Racines D, Zambrano- Achig P, del Campo R, Ciapponi A, Sued O, Martinez-Garcia L, Rutjes A, Low N, Perez-Molina JA, Zamora J. 2020. False-negative results of initial RT-PCR assays for covid-19: a systematic review. preprint. https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.04.16.20066787v1
Cheng VCC, Lau SKP, Woo PCY, Yung Yuen K. 2007. Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus as an Agent of Emerging and Reemerging Infection. Clinical Microbiology Reviews. 20(4): 660-94. https://doi.org/10.1128/CMR.00023-07
Corman VM, Landt O, Kaiser M, Molenkamp R, Meijer A, Chu DKW, Bleicker T, Brünink S, Schneider J, Schmidt ML, Mulders DGJC, Haagmans BL, van der Veer B, van den Brink S, Wijsman L, Goderski G, Romette JL, Ellis J, Zambon M, Peiris M, Goossens H, Reusken C, Koopmans MPG, Drosten C. 2020. Detection of 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) by real-time RT-PCR. Euro Surveill. 25(3):pii=2000045. https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.3.2000045
Johnson MC, Saletti-Cuesta L, Tumas N. Emociones, preocupaciones y reflexiones frente a la pandemia del COVID-19 en Argentina. 2020. Ciência & Saúde Coletiva. 25(suppl 1):2447-56. http://dx.doi.org/10.1590/1413-81232020256.1.10472020
Li X, Zai J, Zhao Q, Nie Q, Li Y, Foley BT, Chaillon A. 2020. Evolutionary history, potential intermediate animal host, and cross‐species analyses of SARS‐CoV‐2. Journal of Medical Virology. 92(6):602–11. https://doi.org/10.1002/jmv.25731
Lu R, Zhao X, Li J, Niu P, Yang B, Wu H, Wang W, Song H, Huang B, Zhu N, Bi Y, Ma X, Zhan F, Wang L, Hu T, Zhou H, Hu Z, Zhou W, Zhao L, Chen J, Meng Y, Wang J, Lin Y, Yuan J, Xie Z, Ma J, Liu WJ, Wang D, Xu W, Holmes EC, Gao GF, Wu G, Chen W, Shi W, Tan W. 2020. Genomic characterization and epidemiology of 2019 novel coronavirus: implications for virus origins and receptor binding. Lancet. 22;395(10224):565-74. https://doi.org/10.1016/S0140-6736(20)30251-8
Moore NM, Li H, Schejbal D, Lindsley J, Hayden MK. 2020. Comparison of Two Commercial Molecular Tests and a Laboratory-Developed Modification of the CDC 2019-nCoV Reverse Transcriptase PCR Assay for the Detection of SARS-CoV-2. Journal of Clinical Microbiology. 58(8):e00938-20. https://doi.org/10.1128/JCM.00938-20
Ramirez JD, Muñoz M, Hernandez C, Flórez C, Gomez S, Rico A, Pardo L, Barros EC, Paniz-Mondolfi AE. 2020. Genetic Diversity Among SARS- CoV2 Strains in South America may Impact Performance of Molecular Detection. Pathogens. 9(7):E580. https://doi.org/10.3390/pathogens9070580
Rearte A, Baldani AEM, Barcena Barbeira P, Domínguez CS, Laurora MA, Pesce M, Rojas Mena MP, da Cruz Ferreira Silva HH, Hertlein C, Tarragona S, Vizzoti C. 2020. Características epidemiológicas de los primeros 116 974 casos de COVID-19 en Argentina, 2020. Revista Argentina de Salud Pública. 12 Supl COVID-19:e5.
Shi J, Han D, Zhang R, Li J, Zhang R. 2020. Molecular and serological assays for SARS-CoV-2: insights from genome and clinical characteristics. Clinical Chemistry. 66(8):1030-46. https://doi.org/10.1093/clinchem/hvaa122
Watson J, Whiting PF, Brush JE. 2020. Interpreting a covid-19 test result. British Medical Journal. 69:m1808. https://www.bmj.com/content/369/bmj.m1808
Wölfel R, Corman VM, Guggemos W, Seilmaier M, Zange S, Müller MA, Niemeyer D. Jones TC, Vollmar P, Rotche C, Hoelscher M, Bleicker T, Brünink S, Schneider J, Ehmann R, Zwirglmaier K, Drosten C, Wendtner C. 2020. Virological assessment of hospitalized patients with COVID-2019. Nature. 581,465-69. https://doi.org/10.1038/s41586-020-2196-x
Woloshin S, Patel N, Kesselheim AS. 2020. False Negative Tests for SARS- CoV-2 Infection — Challenges and Implications. TheNew England Journal of Medicine. https://doi.org/10.1056/nejmp2015897
Ye ZW, Yuan S, Yuen KS, Fung SY, Chan CP, Jin DY. 2020. Zoonotic origins of human coronaviruses. International Journal of Biological Sciences. 16(10):1686-97. https://doi.org/10.7150/ijbs.45472
Téléchargements
Publié-e
Comment citer
Numéro
Rubrique
Licence
Los autores/as conservan los derechos de autor y ceden a la revista el derecho de la primera publicación, con el trabajo registrado con la licencia de atribución de Creative Commons, que permite a terceros utilizar lo publicado siempre que mencionen la autoría del trabajo y a la primera publicación en esta revista.
Analecta Veterinaria por Facultad de Ciencias Veterinarias se distribuye bajo una Licencia Creative Commons Atribución-NoComercial-SinDerivar 4.0 Internacional.